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大分子核酸：对于分子量较大的核酸，如大于 20kb 的 DNA 片段，通常选择较低浓度的琼脂糖凝胶，如 0.3% - 0.8%。低浓度凝胶的孔径较大，有利于大分子核酸在电场中迁移，使其能够更好地分离。

中等大小核酸：对于分子量在 1 - 20kb 之"间的 DNA 或 RNA，常用 1% - 1.5% 的琼脂糖凝胶。这种浓度的凝胶孔径适中，能对中等大小的核酸片段进行有效分离，条带清晰度较高。

小分子核酸：当分离小于 1kb 的 DNA 片段或 RNA 时，可选用 1.5% - 3% 的琼脂糖凝胶，或者使用聚丙烯酰胺凝胶。聚丙烯酰胺凝胶的孔径更小，分辨率更高，适合分离较小的核酸分子，能将相差几个碱基的核酸片段区分开来。

分离鉴定：如果是为了分离和鉴定核酸样品中的不同片段，需要根据核酸片段的大小范围选择能使各片段有效分离的凝胶浓度，以获得清晰的条带，便于观察和分析。

回收核酸：若目的是从凝胶中回收特定的核酸片段，应选择能使目的片段与其他杂质片段分离效果佳的凝胶浓度，同时要考虑凝胶的强度和韧性，以便于后续的切胶回收操作。一般来说，浓度适中的凝胶（如 1% - 1.5% 琼脂糖凝胶）在回收较大片段时较为常用，而对于较小片段，可能需要更高浓度的凝胶或聚丙烯酰胺凝胶。

分辨率要求：如果实验对核酸分离的分辨率要求较高，如需要区分长度相近的核酸片段，应选择能够提供更高分辨率的凝胶浓度和类型。例如，在进行基因分型或突变检测时，通常会使用聚丙烯酰胺凝胶或高浓度的琼脂糖凝胶。

电泳时间和效率：较低浓度的凝胶电泳时核酸迁移速度较快，所需时间较短，但分辨率可能较低；高浓度凝胶则相反，电泳时间较长，但分辨率较高。在实际操作中，需要根据实验的时间限制和对结果的要求来平衡选择。